Bij de afweging om wel of niet te vaccineren, gaat het om de vraag wat erger is: de vaccinatie krijgen of mogelijk een ernstige ziekte moeten doorstaan. Zogenoemde levende vaccinaties mogen zwangere vrouwen niet krijgen. Dat geldt bijvoorbeeld voor inentingen tegen gele koorts, bof, mazelen en rodehond. Na een vaccinatie tegen deze ziektes luidt het advies om 1 maand te wachten met zwanger worden.
Het wel of niet vaccineren bij zwangere is maatwerk en dient door deskundigen op het gebied van reizigersadvisering te gebeuren. Per situatie moet het risico op ziekte (plaats, duur, voorkomen van ziekte), de ziektelast (gevolgen van infectie) en mogelijke bijwerkingen van vaccins zorgvuldig afgewogen worden.
De meeste vaccins mogen bij borstvoeding gegeven worden. Tijdens het geven van borstvoeding (tot het kind 6 maanden is) wordt een gele koorts vaccinatie afgeraden.